Для дальнейшей настройки фрезера необходимо установить глубину его погружения в заготовку. Задание глубины фрезерования производится при помощи вертикального упора, имеющего различные регулировки. Наиболее распространенным является регулирование положения данного упора. Для этого нужно зафиксировать упор на ножке револьверного упора, находящейся в самом низком положении, ослабить фиксаторы вертикального упора, как правило, имеющие зажим барашкового типа, и фиксаторы головной части инструмента. «Голову» нужно опустить вниз, пока фреза не коснется поверхности. Эту операцию рекомендуется производить без использования заготовки, чтобы ее не повредить, а на поверхности верстака. 

Далее производится фиксация подвижного вертикального упора и установка указателя напротив нулевой отметки мерной линейки, т.е. калибровка шкалы. Теперь линейка откалибрована и готова к дальнейшей работе. Для настройки глубины нужно переместить упор, наблюдая за указателем, и затянуть винт. Для простых моделей фрезеров юстировка на этом заканчивается. При необходимости возможна более точная подгонка. Положение упора можно изменить с очень большой точностью при помощи вращения колесика регулировки. Такое колесико может быть снабжено фиксаторами, благодаря которым происходит «перещелкивание» по рискам и не происходит сбоя установки во время работы, или у него обеспечено тугое вращение. Хорошим вариантом является такая регулировка, которую можно проводить прямо в процессе работы.